En Nyon, Suiza, se llevó a cabo el sorteo que agrupó a los 40 equipos que pasaron la primera eliminatoria en ocho zonas. Los tres primeros clasificarán. Esta fase se jugará del 23 de octubre al 18 de diciembre, mientras que la final será el 20 de mayo de 2009 en el estadio Sukru Saracoglu de Estambul.
El último campeón del torneo fue el Zenit de Rusia, club donde milita el argentino Chori Dominguez.
Grupo A: Schalke (GER),París Saint-Germain (FRA),Manchester City (ING),Racing Santander (ESP) y Twente (HOL)
Grupo B: Benfica (POR), Olympiakos (GRE), Galatasaray (TUR), Hertha Berlín (ALE) y Metalista Kharkiv (UKR)
Grupo C: Sevilla (ESP), Stuttgart (ALE), Sampdoria (ITA), Partizan (SRB) y Standard de Lieja (BEL)
Grupo D: Tottenham (ING), Spartak Moscú (RUS), Udinese (ITA), Dinamo Zagreb (CRO) y NEC Nimega (HOL)
Grupo E: Milan (ITA), Heerenveen (HOL), Braga (POR), Portsmouth (ING) y Wolfsburgo (ALE)
Grupo F: Hamburgo (ALE), Ajax (HOL), Slavia Praga (CZE), Aston Villa (ING) y Zilina (SVK)
Grupo G: Valencia (ESP), Brujas (BEL), Rosenborg (NOR), FC Copenhague (DIN) y Saint-Etienne (FRA)
Grupo H: CSKA Moscú (RUS), Deportivo La Coruña (ESP), Feyenoord (HOL), Nancy (FRA) y Lech Poznan (POL)
